Éste sufre incendios, saqueos… y queda en una situación lamentable. En 1829 el edificio de la fábrica, que había servido como hospicio, es cedido, en ruinoso estado, para el establecimiento de una manufactura de tejidos de algodón y estampados con protección real.

Así, en 1836, atendían la fábrica 633 personas, contando con una bomba de vapor y 450 telares. Entre los años 1842 y 1846 se renueva la huerta bajo la dirección de Fernando de Boutelou, plantándose 4.000 árboles frutales y reorganizándose calles y paseos. En 1860 se construye un ferrocarril en San Fernando. En 1864, el Real Sitio es vendido a particulares, cuya principal actividad es la agricultura y ganadería.

En 1916 el pueblo cambia de nombre, pasando de llamarse San Fernando de Jarama al actual San Fernando de Henares.

Entre 1920 y 1922 llega la electricidad a San Fernando de Henares. En 1931 llegó la primera línea telefónica.

Ya en los años 60 el pueblo es industrializado, y prácticamente desaparece el sector primario, excepto por las pequeñas fincas en las vegas del río Henares y Jarama. Debido a esto, mucha gente emigra hacia San Fernando, principalmente de Guadalajara, Jaén y Cuenca. Por ello, se ensancha el pueblo, construyéndose nuevas viviendas e infraestructuras. En 1965 se crea un sistema de alcantarillado, se pavimentan las calles y se amplía el cementerio viejo. En 1972 el canal de Isabel II comienza a suministrar agua a San Fernando, y se construye una depuradora y se terminan las obras del alcantarillado. El nueve de noviembre de 1983 el casco histórico es declarado conjunto histórico-artístico^[]]